이 질환은 기질적인 병변 없이 다양한 임상 형태로 나타나기 때문에 치료가 단순하지 않습니다. 치료의 기본은 우선 생활 습관의 변화 및 식이요법을 먼저 시행하면서 약물 치료와 필요에 따라서 정신과적인 치료의 병행 등 다각적인 치료방법을 고객에 따라서 시도합니다. 규칙적인 생활과 적당한 운동은 비단 기능성 소화불량증 고객뿐 아니라 누구에게나 권장되는 일반적인 건강 상식에 해당됩니다. 식이요법의 원칙은 어느 음식이 좋고 어느 음식은 해가 된다는 식이 아니라 고객 개개인마다 자기 몸에 잘 맞는 음식과 섭취하면 불편해지는 음식이 있으므로 일부러 남들이 좋다는 음식을 억지로 섭취하지 말고 자기에게 맞는 음식을 먹고, 맞지 않는 음식은 금하는 것이 좋습니다다만 일반적으로 맵고 자극성이 심한 음식은 좋지 않으며 특히 지방이 많은 음식은 위배출을 느리게 하므로 주의를 요합니다. 술, 담배를 삼가며 커피 청량음료 등 탄산가스가 포함된 음료수의 과음을 금하는 것이 좋습니다스트레스등 정신적인 문제도 증상발현과 밀접한 관계를 가지고 있으므로 스트레스를 해소하는 것도 필요하다.

약물요법으로는 증상에 따라 제산제, 위산억제제, 위장관운동을 증강시키는 약제를 선택하여 투여합니다. 약물치료를 할 경우 완전히 뿌리를 뽑기 위해 증상이 소실된 후 몇주 또는 몇개월 동안 계속 약물을 복용하더라도 증상의 예방이 되는 것은 아니므로 증상 소실 후 약물에 의존하지 말고 그때 그때 증상이 심할 경우 투약하는 것이 바람직합니다. 이때 중요한 것은 한번 기능성 소화불량증으로 진단받았다 하여 다른 병이 생기지 않는 것은 아니므로 증상의 양상이 달라진다던가 체중이 줄고 혈변을 본다던가 하는 증상이 생기면 즉시 의사선생님과 상의하는 것이 좋겠습니다.